Nach der Rückkehr in die Heimat nahm er an dem Smolensk-Feldzug des Königs Władysław IV. teil. Damals ereignete sich etwas, was von großer Bedeutung für Jakub Wejhers weiteres Leben war, er wurde nämlich lebendig in einem Schützengraben verschüttet und legte ein Gelöbnis ab, aus allen Kräften Gottes Ruhm zu verkündigen und eine Kirche zu Ehren der Dreifaltigkeit und des Hl. Franziskus zu errichten.

Er überlebte, wurde gesetzt und heiratete. Für zahlreiche Kriegsverdienste und seine Ingenieurarbeit wurde er mit dem Amt des Landrates von Człuchów und Bytów, des Kastellans von Chełmno und des Woiwoden von Malbork ausgezeichnet und wurde somit zu einem der wichtigsten Senatoren im Lande. Ein Teil seines Gelübdes erfüllte er 1643 als er in Rzucewo auf dem Gebiet der Familiengüter die St. Franziskus Kirche erbaute. An der Kirche gründete er eine städtische Siedlung Wejherowska Wola, wo er in den nächsten Jahren das Franziskanerkloster und den Kalvarienberg errichtete und gewann für sie vom König Jan Kazimierz das Stadtprivileg. Von da an wurde sie "Wejheropolis" genannt.

Die letzten Jahre seines Lebens verbrachte er im Kampf mit Schweden. Er wurde zum obersten Befehlshaber in Königspreußen, zum General Preußens und verteidigte Puck vor dem Überfall durch schwedische Truppen. Er verteidigte auch Malbork aber nach zweimonatiger Belagerung war er mit einer ehrenhaften Kapitulation einverstanden. Als einer der vertrauten Berater von Jan Kazimierz kämpfte er an der Seite des Königs in zahlreichen Schlachten und nahm aktiv am politischen Leben des Landes teil. Er starb nach einer kurzen Krankheit als er den König auf der Reise nach Gdańsk begleitete und wurde in St. Nikolai Kirche begraben.

Jakub Wejher war zweimal verheiratet aber sein männlicher Nachwuchs starb in der Kindheit. Einen erheblichen Vermögensteil des Magnaten, besonders die Güter in Rzucewo und Wejherowo vererbte die Radziwiłł Familie, von der sie demnächst an Sobieski Familie überwiesen wurde.