Jakub Wejher (Weiher) herbu Skarzyna był najstarszym synem wojewody malborskiego następnie chełmińskiego Jana Weihera i starościanki mirachowskiej Anny Szczawińskiej. Nauki pobierał w kolegium Hozjanum w Braniewie (jezuickim), na dworze królewskim - będąc pokojowcem królewicza Władysława oraz na uniwersytecie bolońskim. Po zakończeniu studiów wziął udział w Wojnie Trzydziestoletniej walcząc po stronie Ligi Katolickiej, m. in. pod dowództwem Alberchta von Wallensteina. Za zasługi wojenne otrzymał od cesarza Ferdynanda II tytuł hrabiowski.

Po powrocie do kraju wziął udział w kampanii smoleńskiej króla Władysława IV. W czasie tej wyprawy pod miastem Biała miało miejsce zdarzenie, które zaważyło na dalszym życiu Jakuba - kiedy został żywcem zasypany w okopie złożył ślubowanie, że jeżeli wyjdzie z opresji cało, wszelkimi siłami będzie szerzył sławę bożą i wybuduje kościół na część św. Trójcy i św. Franciszka.

Ocalawszy Jakub Wejher ustatkował się i ożenił. Za liczne zasługi wojenne i prace inżynierskie został nagrodzony starostwem człuchowskim i bytowskim, urzędem kasztelana chełmińskiego i urzędem wojewody malborskiego, stając się tym samym jednym z najważniejszych w kraju senatorów. Część ślubów spełnił w 1643 r. budując w obrębie rodowych dóbr rzucewskich kościół p.w. św. Franciszka. Przy świątyni Wejher lokował osadę miejską zwaną Wejherowską Wolą. W późniejszych latach ufundował w niej klasztor franciszkanów i kalwarię, oraz wystarał się u króla Jana Kazimierza o przywilej miejski dla swej osady, zwanej odtąd Wejheropolis.

Ostatnie lata spędził na walkach ze Szwedami. Mianowany najwyższym dowódcą Prus Królewskich - generałem ziem pruskich obronił Puck przed szwedzkim desantem. Bronił też Malborka, ale po dwumiesięcznym oblężeniu zgodził się na honorową kapitulację. Jako jeden z zaufanych doradców Jana Kazimierza walczył u boku króla w licznych bitwach, brał czynny udział w życiu politycznym kraju. Towarzysząc królowi w wyjeździe do Gdańska zmarł po krótkiej chorobie i został pochowany w kościele św. Mikołaja.

Jakub Wejher był dwukrotnie żonaty, ale jego męscy potomkowie zmarli w dzieciństwie. Znaczną część majątku po magnacie - zwłaszcza dobra rzucewsko-wejherowskie odziedziczyli Radziwiłłowie, z rąk których otrzymali je Sobiescy.