Muzeum OO. Franciszkanów znajduje się w podziemiach Klasztoru Ojców Franciszkanów i obejmuje trzy krypty oraz pomieszczenie ekspozycyjne.

W pomieszczeniu ekspozycyjnym znajduje się stała wystawa obrazująca dzieje rodu Wejherów oraz działalność klasztoru w dziedzinie szkolnictwa i organizacji obchodów kalwaryjnych. Wyłożone są tam m.in. modlitewniki, autentyczny strój, a także szkaplerz, medalion i grzebień z grobu Jakuba Wejhera (założyciela miasta), różaniec z misternie zdobionymi paciorkami, pochodzący z trumny jednej z córek Wejhera, obrączka ślubna drugiej żony Wejhera, Joanny Katarzyny z Radziwiłłów (+1665), fragmenty złoconych okuć z trumny Wejhera i jego pierwszej żony, Anny Elżbiety z Schaffgotschów (+1650), krzyż z XVII w., osobisty medalik Jakuba Wejhera oraz medalion z grobowca Przebendowskich. Znajduje się tu także dokument z 5 marca 1651 r., wystawiony przez arcybiskupa gnieźnieńskiego i przekazany Jakubowi Wejherowi, który potwierdza autentyczność relikwii św. Leoncjusza męczennika, pobranych za zgodą papieża Urbana VIII z Katakumb Rzymskich. Zobaczyć można także księgi liturgiczne, używane przez pierwszych zakonników w Wejherowie, których do miasta sprowadził w 1647 roku Jakub Wejher.

Z pomieszczenia ekspozycyjnego prowadzi korytarz do krypty grzebalnej zakonników. Kryje ona prochy 57 Franciszkanów, zmarłych w latach 1658-1809.

Następna, lewa krypta poświęcona jest rodzinie Wejherów. W trumnie pokrytej atłasem w kolorze wiśni, spoczywa Jakub Wejher, a obok niego pierwsza i druga żona oraz dwie córki. Niezwykłością historyczną jest fakt, iż szczątki założyciela miasta (Jakuba Wejhera), spoczywają w mieście, któremu dał początek. Jest to wręcz ewenement, tak na skalę Polską jak i Europejską. Ilu założycieli miasta spoczywa w miastach które powołali do życia ?

W krypcie prawej spoczywają hrabia Piotr Jerzy Przebendowski (+1755) oraz jego żona Urszula z Potockich (+1766), fundatorka tzw. stypendium Przebendowskich.